A realização dos projetos de pesquisa na FJZB é organizada pela Diretoria de Pesquisa (DPE), que formaliza as parcerias com pesquisadores e Instituições e incentiva a produção científica dentro da Fundação. O desenvolvimento de projetos na FJZB é regulamentado pela Instrução Normativa Instrução nº 78, de 03 de setembro de 2015, que estabelece as Normas e Diretrizes para Realização de Projetos de Pesquisa.